Im Jahr 1188 begann man am Nikolaifleet mit den ersten Baumaßnahmen des Hamburger Hafens. Zur gleichen Zeit ist auch die Hamburger Neustadt erbaut. Das Nikolaifleet bildete die Grenze zwischen Neustadt und Altstadt. Ursprünglich ist das Fleet die Mündung der Alster in die Elbe. Noch bis ins 19. Jahrhundert wurden vom Nikolaifleet aus Waren in die Speicher am Cremon verladen. Das Nikolaifleet ist dem Tidenhub der Elbe ausgesetzt, es fällt bei Ebbe größtenteils trocken. Nach dem Hamburger Brand von 1842, welcher fast die gesamte Stadt vernichtete wurde die Innenstadt der Hansestadt gründlich umgestaltet. Grund hierfür war es Platz für ein neues Rathaus und den Rathausmarkt zu schaffen. Seither fließt die Alster über das schiffbare Alsterfleet ab. Der Nikolaifleet und der Mönkedammfleet sind zwar noch mit dem Alsterfleet verbunden, ein Gitter verhindert allerdings den Schiffsverkehr.
