1857 nahm das erste, damals noch dampfbetriebene Schiff den Linienbetrieb auf der Alster und den einmündenden Känälen auf. Zuerst gab es nur eine Linie zwischen dem Mühlenkamper Fährhaus im Stadtteil Uhlenhorst, dem Winterhuder Fährhaus und dem Jungfernstieg. Auf der Stecke verteilt befanden sich noch mehrere Anlegestellen. 1890 kam eine Linie durch den Eilbekkanal nach Barmbek hinzu. Um 1900 befuhren rund 30 Alsterdampfer das Gewässer. Die Hamburger Hochbahn übernahm 1919 den Betrieb der Alsterschifffahrt. Mit dem Bau der U-Bahn und die Unterhaltung von Straßenbahnen sowie Buslinien im Stadtverkehr wurde der Linienverkehr unattraktiv. Trotz dem wurden Ender der 1930er Jahren noch drei Linien befahren. Im 2. Weltkrieg wurde wegen Personalmangel und Treibstoffmangel der Schifffahrtsbetrieb eingestellt. Im Jahr 1946 wurde der Linienverkehr auf den Wasserstrassen als reguläres Verkehrsmittel wieder aufgenommen. Mit Gründung des Hamburger-Verkehrs-Verbund 1965 wurden die Linien in das normale Fahrgastangebot integriert. Mitte der 1950er Jahren wurden erstmals Kaffeefahrten auf der Alster angeboten. Mit zunehmender Bedeutung des Tourismus dann auch Kanalfahrten. 1977 wurde die Alsterschifffahrt ausgegliedert in eine Tochtergesellschaft die Alster Touristik GmbH. Diese übernahm die Flotte und begann sich auf Ausflugsfahrten und Rundfahrten auszurichten. 1984 wurde der Linienverkehr in eine Rundfahrtlinie umgewandelt. Zwischenzeitig kamen neue modernere Schiffe zur Flotte. Ein Brennstoffzellen betriebenes Schiff und ein Solarschiff sind heute auf der Alster unterwegs.
